O'zbekistonda inson huquqlari bo'yicha milliy institutlar tizimi tarkibiga O'zbekiston Respublikasi Oliy Majlisining Inson huquqlari bo'yicha vakili (ombudsman), Prezident huzuridagi tadbirkorlar huquqlarini himoya qilish bo'yicha vakil (biznes-ombudsman), Inson huquqlari bo'yicha O'zbekiston Respublikasi Milliy markazi institutlari kiradi. Ularning faoliyati biz oldingi mavzularda ko'rib chiqqan inson huquqlari bo'yicha xalqaro andozalar va ilg'or xorijiy tajriba asosida tashkil etilgan va doimiy ravishda takomillashib bormoqda.

O'zbekiston Respublikasi Oliy Majlisining Inson huquqlari bo'yicha vakili (ombudsman) fuqarolar huquqlarining beg'araz va insonparvar himoyachisidir: u inson huquqlari buzilganligi to'g'risidagi shikoyatlarni ko'rib chiqadi va tekshiradi, ayrim tashkilotlar va mansabdor shaxslar yo'l qo'ygan xatoliklarni tugatish yuzasidan tadbirlar tavsiya qiladi, fuqarolarning huquqlari tiklanishiga yordamlashib, inson huquqlarining jiddiy ravishda buzilishiga sababchi bo'lgan shaxslarni qonunga binoan javobgarlikka tortish to'g'risida tavsiya qilishga ham haqlidir. Ombudsmanning mintaqaviy vakillari 2000 yildan buyon O'zbekistonning barcha mintaqalarida faoliyat ko'rsatib kelmoqda. Ular fuqarolarning kelib tushgan murojaatlari bo'yicha joylarga, shuningdek, ozodlikdan mahrum etish joylariga ham chiqib, o'z tekshiruvlarini amalga oshirish, yana shuningdek, tegishli mintaqalardagi Xalq deputatlari kengashlari majlislarida joylardagi inson huquqlariga rioya etilishi bo'yicha axborotlarni taqdim etish yo'li bilan Ombudsman ishining samaradorligini ancha kuchaytirmoqda. Bugunga kelib, Ombudsman huzurida Bola huquqlari bo'yicha ombudsman instituti ham joriy etilgan.  

O'zbekiston Respublikasi Prezidenti huzuridagi tadbirkorlar huquqlarini himoya qilish bo'yicha vakil (biznes-ombudsmen) tadbirkorlarning davlat tomonidan belgilangan huquqlari himoyasi uchun xizmat qiladi. Prezident huzuridagi tadbirkorlar huquqlarini himoya qilish bo'yicha vakilning vazifalari va huquqlari tadbirkorlik faoliyatini rivojlantirish, tadbirkorlarning huquq va manfaatlarini himoya qilish borasidagi davlat siyosatini shakllantirish va amalga oshirishda ishtirok etish, tadbirkorlar faoliyati tekshiruvida ularni qonuniy tomonlama qo'llab-quvvatlash, tadbirkorlarning manfaatlarini ko'zlab, sudlarga da'vo arizalari berish, ularning faoliyatini monitoring qilib borishdan iborat.

O'zbekiston Respublikasining inson huquqlarini himoya qiluvchi milliy institutlari orasida Inson huquqlari bo'yicha O'zbekiston Respublikasi Milliy markazi xalqaro va milliy idoralararo muvofiqlashtiruvchi rol o'ynaydi. Inson huquqlari bo'yicha O'zbekiston Respublikasi Milliy markazi inson huquqlari sohasidagi O'zbekiston Respublikasining xalqaro majburiyatlarini bajarish bo'yicha davlat organlari va boshqa tashkilotlarning o'zaro hamkorligini, milliy ma'ruzalar tayyorlanishini, inson huquqlarini himoya qilish bo'yicha xalqaro tashkilotlar bilan hamkorlikni kengaytirishni ta'minlovchi davlat organi hisoblanadi. Markaz o'z vakolatlarini barcha davlat organlari va tashkilotlar, ularning mansabdor shaxslaridan mustaqil ravishda amalga oshiradi. Markaz har yili O'zbekiston Respublikasi Prezidenti, O'zbekiston Respublikasi Oliy Majlisi palatalari, O'zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasiga inson huquqlari sohasidagi O'zbekiston Respublikasining xalqaro majburiyatlariga rioya etilishi holati to'g'risida axborot taqdim etadi. Markaz davlat organlari, fuqarolik jamiyati institutlari, ta'lim, ilmiy-tadqiqot va boshqa tashkilotlarning faoliyatiga inson huquqlari sohasidagi O'zbekiston Respublikasining xalqaro majburiyatlarini bajarish masalalari bo'yicha ko'maklashadi.